Por lo menos 32 procesos judiciales aparecen relacionados con el nombre del nuevo ministro de Salud y ex director de la ARCSA, Mauro Antonio Falconí García. Se trata de procesos en donde aparece como demandado por asuntos personales y otros en donde aparece mencionado como representante de instituciones, como el propio ARCSA y la Cruz Roja de Santo Domingo, así como el hospital provincial Gustavo Domínguez también en la provincia tsáchila. 

El proceso más reciente es de 2020 y se trata  de un asunto institucional: una empresa láctea presentó una acción de protección en su contra en su calidad de director de la ARCSA. En ese mismo año y  en calidad de representante de ARCSA, fue demandado por un ex empleado por una jubilación en esa institución.

Entre 2016 y 2018 fue investigado por la Fiscalía de Santo Domingo, luego de que la Contraloría emitiera en su contra un informe con indicios de responsabilidad penal por un supuesto mal manejo en el hospital público Gustavo Domínguez. El caso fue desestimado por la Fiscalía y archivado.

En demandas de 2017, aparece vinculado como representante de la Cruz Roja de Santo Domingo, como es el caso de un cobro de facturas contra la Cruz Roja, plateado por Andrés Romero Luzuriaga, o una demanda de Mercedes Larrea, también en su calidad de representante de la Cruz Roja en esa provincia. La demandante reclamó por supuestas fallas en un consultorio que se le había vendido la Cruz Roja.

En 2017, un ex empleado de la Cruz Roja también lo demandó por una indemnización laboral, relacionada con el trabajo del demandante como chofer de ambulancia en Santo Domingo.

Cuando era director médico del Hospital San Bartolo, una clínica el sur de Quito, fue demandado en 2016 por despido intempestivo, mientras que entre 2013 y 2014 un médico llamando Silvio Samaniego le puso una demanda por injurias y otra por daños y pejuicios en la que Falconí fue condenado. Samaniego le acusó de haberle gritado "ladrón y asesino" en pleno hospital donde trabajaban.

En 2013, en cambio, su ex cónyuge Paola Cevallos le ganó un juicio para quitarle la patria potestad de un hijo de ambos, alegando que había abandonado al niño. En relación con ese mismo caso, aparece una intervención de la Dinapen en la disputa.

En 2010, el nuevo ministro fue demandado por una tarjeta de crédito impaga, mientras por lo menos desde 2008 ha tenido varias demandas civiles de Paola Cevallos, todas ellas relacionadas con el hijo de ambos. El nuevo ministro de Salud no ha hecho, hasta el momento, ningún pronunciamiento sobre estos procesos.