La situación poselectoral de la primera vuelta aún no se define en la provincia de Manabí. Varios sectores políticos cuestionaron los resultados electorales en esa provincia, tanto para las presidenciales como para las de asambleístas. Denunciaron fraude electoral e impugnaron las actas de conteo de votos de 136 juntas electorales, unos 30.000 votos. La impugnación se presentó ante la Junta Electoral de Manabí, que decidió que se abrieran las urnas, y la Junta dio la razón a los peticionarios mediante una Resolución, el 6 de marzo. Pero esta decisión fue a su vez impugnada por la Lista 1, UNES, del binomio Arauz-Rabascal y el tema se elevó hasta el pleno del Consejo Nacional Electoral. El organismo rector del proceso negó, el 31 de marzo, el Recurso de Impugnación presentado por UNES, lo cual significa que se deben abrir las urnas. Esto podría cambiar algunos resultados electorales, en distritos donde existen problemas de impugnaciones, pero de recontarse los votos se abriría la caja de Pandora: esto es, la constatación de que se habría dado un enorme fraude en Manabí, que favoreció al correísmo, a su binomio presidencial y a sus candidatos a la Asamblea Nacional. 

El correísmo ganó con el 52% de los votos según el conteo oficial del CNE. En el distrito 2, UNES obtuvo el 50,9% de la votación. Así, el correísmo se llevó cuatro de cinco curules,  y la última quedó para la Izquierda Democrática. 

El relato de Mariano Santos, en la revista Opción, vinculada políticamente a la Unidad Popular, partido de izquierda, ha afirmado que "los partidos que se sintieron perjudicados constataron varias cosas extrañas, se unieron y, comenzaron a recoger la mayor cantidad de actas posibles de los diferentes recintos electorales, con el propósito de cotejarlas con los resultados oficiales del CNE. Lograron recoger 1472 actas (de un total de 3.750, que corresponden a Manabí), la gran mayoría del distrito Sur y presentaron una denuncia a la fiscalía Provincial.

Con el 40% del total de actas, principalmente para el distrito dos, los partidos hicieron una proyección, en base a una simulación matemática,  para determinar los probables resultados. Con estos, los partidos han denunciado lo siguiente: UNES no habría obtenido 50,9% de los votos como lo afirmaba el CNE, sino únicamente el 24%(menos de la mitad), con lo cual ellos no tendrían (en el distrito sur) cuatro Asambleístas, sino únicamente dos.

Para el caso de los presidenciales, dice Opción, "el binomio Arauz -Rabascal obtuvo en la zona sur 22% y norte 24%, lo que sumaría un promedio del 23%, lo que dista mucho del 52,22% del CNE".

Hay algunas evidencias que los actores políticos manabitas, no correístas, que se han unido para hacer estas denuncias, son las siguientes:

Los resultados de las actas originales habrían sido subidas al servidor del CNE desde un "centro informático paralelo", que según los denunciantes estuvo montado en el "centro informática de la Universidad Técnica de Manabí, centro superior de la cual es rector el Ing. Vicente Veliz, quien fuera destituido por la Contraloría pero está en un contencioso con el organismo de control. Él es suegro del candidato correísta Andrés Arauz, y según la Comisión Anticorrupción de Manabí es director nacional de control electoral de UNES, pero además tiene firmado un convenio con el CNE para poner sus estudiantes y profesores en las juntas electorales de la provincia. 

Julio César Villacreses, ex coordinador de la Comisión y ex candidato a la vicepresidencia con César Montúfar, ha señalado directamente al consejero Enrique Pita como el autor y defensor de ese convenio, que según los denunciantes es una puerta a las irregularidades que se habrían presentado. 

Es decir, el país y Manabí asistirían a un "fraude científico" mediante algoritmos que desde centros informáticos paralelos desviaría los votos reales a la candidatura de Arauz. Para Villacreses esto se agraba por cuanto, a pesar de las denuncias, la Fiscalía se ha demorado en actuar; el cuestionado convenio sigue vigente (y defendido por Pita) y no hay garantías de que se den resultados transparentes en la segunda vuelta.

Lo que los actores y movimientos políticos piden es que la Fiscalía haga el peritaje informático del CNE en la provincia y se continue sin detenerse en la indagación previa que está abierta.