La institución defensora de los derechos humanos ha pasado por diversas etapas en los 26 años de su funcionamiento. Tras la aparatosa caída de Freddy Carrión, el último defensor titular, se vio enfrascada en polémicas internas y disputas físicas de las oficinas. Durante el correato se la percibió como totalmente alineada con el gobierno de Correa y en silencio frente a sus violaciones de derechos humanos.