El atentado como la Asociación Mutual Israelita Argentina (AMIA), ocurrido en 1994, es motivo de debate en Argentina, pues aún no se ha podido establecer las responsabilidades en la muerte de 86 personas, incluido un atacante suicida, al parecer vinculado a movimientos islámicos.

El 18 de julio de 1994 un coche bomba explotó frente al edificio del centro judío, y desde entonces, la justicia argentina ha estado buscando a los responsables del atentado. El supuesto móvil, fue la decisión de Argentina de suspender su cooperación nuclear con Irán.

VEA: tomas de los instantes después del atentado de AMIA.  

Desde 2006 que el fiscal Alberto Nisman, quien fue encontrado muerto en su departamento de Buenos Aires en un aparente suicidio, había acusado de planificar el ataque al Gobierno de Irán y al movimiento islámico Hezbolá de ejecutarlo. La justicia argentina llegó inclusive a pedir a Interpol la captura de siete ex funcionarios iraníes y un miembro del Hezbolá para que respondan por el ataque en su país. Los solicitados a Interpol, que no han podido ser capturados, son Imad Mugniyah (exjefe de Hezbolá), Ali Fallahijan (exjefe de inteligencia de Irán), Mohsen Rabbani (ex agregado cultural de Irán en Argentina), Ahmad Reza Asghari (ex tercer secretario de Irán en Argentina), Ahmad Vahidi (exjefe de la Fuerza Quds, el ministro de Defensa de Irán desde 2009) y Mohsén Rezaí (exjefe de la Guardia Revolucionaria iraní).

En 2007, el ex presidente argentino Néstor Kirchner pidió en el foro de las Naciones Unidas que Irán colabore con la investigación, son obtener respuestas. 

En 2013, ya durante el Gobierno de Cristina Fernández,  ambos países firmaron un Memorando de Entendimiento para conformar una comisión mixta que investigue el atentado, que fue rechazado por la comunidad judía y declarado inconstitucional. 

Pero Nisman había ido más allá y tras ponerse a investigar los detalles de ese Memorando, llegó a presentar la semana anterior a su muerte una denuncia penal en contra de la presidenta Cristina Fernández y de su canciller Héctor Timerman así como de políticos argentinos por supuestamente haber llegado a un acuerdo con Teherán para exculpar al país islámico de la planificación del atentado antisemita en Buenos Aires.

VEA: entrevista de Nisman con la televisión argentina en donde explica su denuncia. 

LEA: la denuncia completa del fiscal fallecido presentada a la Justicia argentina.

Según el documento de 290 páginas, que antes de morir, Nisman iba a explicar ante congresistas de su país, sin perjuicio de su trámite judicial, hubo un pacto con el visto bueno de la Presidenta para exculpar a los agentes de Irán de cualquier relación con el atentado como parte del Memorando de Entendimiento de 2013.

Así, Nisman había escrito que:

"Sin importar las evidencias, los hechos o su verdadera responsabilidad en el atentado, los ciudadanos iraníes iban a ser desvinculados de la causa, se le iba a lavar la cara" a Irán y ello estaba cerrado "muy arriba", es decir tenía sello presidencial. Todo había sido acordado, se iba a utilizar el caso AMIA como una pieza para saciar intereses geopolíticos en el nuevo tablero internacional", con lo que sostenía que fue una decisión de la presidenta de Argentina. 

El fiscal precisó también que el canciller argentino Héctor Timerman cometió posibles delitos al firmar el memorando de entendimiento con Irán: 

"Quedará probado que el Ministro de Relaciones Exteriores y Culto de la Nación, Héctor Timerman no sólo firmó un Memorando de Entendimiento abiertamente inconstitucional, que además garantiza la impunidad de los acusados iraníes, sino que también cerró acuerdos secretos mucho más beneficiosos para los prófugos. De allí que se compruebe que no se trató, como se presentó públicamente, de dos partes que negociaron un acuerdo bilateral, sino que fueron dos socios que confeccionaron un sofisticado plan criminal de impunidad para desligar definitivamente a los prófugos de la causa AMIA de toda relación con el atentado y cerrar toda investigación respecto de ellos. De hecho, luego de suscribirse el acuerdo, el agente argentino "Allan" le confesó a su par de Irán: "Tranquilo, ya ganamos, es decir, ganamos una partida, yo te dije y vos no me tenías fe.", dejando en evidencia que ambas partes han tenido un mismo objetivo criminal".

Otro participante en la supuesta trama a favor de los iraníes había sido un congresista oficialista, Andrés Larroque, de quién afirmaba:

"El Diputado Nacional Andrés Larroque también ha sido actor clave en la articulación del plan criminal pues, dada su cercanía tanto con la Presidenta como con los partícipes del encubrimiento ha operado como nexo e intermediario de la información transmitida entre autores y cómplices del encubrimiento. Se probarán distintos episodios en los que Larroque bajó directivas presidenciales, tanto a Khalil como a D'Elía, sobre cómo debían actuar. Como por ejemplo, la ocasión en que, en noviembre de 2012, Khalil reconoció: "vengo de La Matanza recién he tenido una reunión con Luis D'Elía y el "Cuervo" Larroque, el de La Cámpora. que me llamaron temprano que querían hablar conmigo que tenían un mensaje para el gobierno para dar. Y ahora me voy a Martínez a dar el mensaje a la casa del Embajador".

Un oficial de la Inteligencia argentina, a quien identifica solamente como Alan, también habría sido clave en la supuesta intriga internacional: 

"Una mención aparte merece el sujeto conocido como "Allan", que responde a la Secretaría de Inteligencia de Presidencia de la Nación. Se trata de una persona con acceso al entorno presidencial, que cuenta con información privilegiada -incluso sobre la salud de la Sra. Presidente- y que ha declarado su simpatía con el régimen iraní, que ha actuado -en reiteradas ocasiones- a favor de intereses extranjeros en detrimento de los nacionales. Que ha transmitido informaciones secretas y protegidas por la ley de inteligencia a agentes de una potencia extranjera y en quien la Presidenta ha confiado para llevar adelante parte del plan de impunidad por su dedicación, obediencia pero -sobre todo- por su falta de escrúpulos a la hora de manipular pruebas y personas para la consecución del designio ilegal que le fuera encomendado por su jefa"

El trasfondo del supuesto encubrimiento organizado por el Gobierno argentino sería normalizar sus relaciones comerciales en especial petroleras, con Irán.

La misteriosa muerte de Nisman, quien había denunciado también la presencia de Irán en varios países latinoamericanos, provocó protestas en las calles de varias ciudades argentinas.